税務調査結果に不服があるとき

修正申告をすると、調査結果に納得がいってなかったとしても、その後、異議申立などをすることはできません。あくまで自発的に修正した内容で申告しているためです。
そうではなく、更正が行われ、それについて納得がいかないときは、税務署長に対して不服申立をすることができます。不服申立が聞き入れられなかったときは、国税不服審判所に対して不服申立をしたり、税務訴訟（裁判）をすることで、より客観的で公平な判断を仰ぐことができます。